La fundación de la Villa de Nuestra Señora de la Asunción de las Aguas Calientes tuvo lugar como producto de los continuos ataques de indios chichimecas a las conductas que desde 1546hacían el trayecto de las minas de Zacatecas hacia la Ciudad de México. Se dice que el primero en cruzar por la comarca fue el Capitán Pedro Almíndez Chirinos en 1531, en misión de conquista, según Angel Ochoa, o de reconocimiento, según Topete del Valle,  de acuerdo con instrucciones del tristemente célebre Nuño de Guzmán. Desde luego que no existían asentamientos permanentes por el sitio, sino campamentos estacionales y continuos peregrinajes  indígenas hacia centros ceremoniales ubicados en los actuales Teocaltiche, Juchipila y El Teúl.  Al incrementarse el tránsito de españoles luego de descubrirse las vetas zacatecanas, aumentaron a su vez los ataques de las bandas guachichiles, por lo que la Corona decidió establecer una villa "que en sus principios fue más bien un fuerte" o  resguardo defensivo, cuyo crecimiento se vio favorecido por la fama de las aguas termales que brotaban cerca del lugar, a media legua de distancia. Poco antes de la fundación del Fuerte, que tuvo lugar  después de 1570, habían habitado un sitio cercano (en el actual Barrio de El Encino) unos hortelanos de la Villa de Santa María de los Lagos, hacia 1564-65,  encabezados por Hernán González Berrocal, gracias a mercedes de tierras concedidas por la Corona, quien deseosa de fomentar el desarrollo de la agricultura para el abastecimiento de las minas zacatecanas, promovió con generosidad la cesión de tierras casi a quienes la solicitaran; al cabo de unos años el asentamiento al parecer se extinguió sin que se sepa a ciencia cierta la causa, aunque se especula que pudieron haber sido incursiones de indios chichimecas o bien el terrible "matlazáhuatl", o epidemia de viruela. Con la construcción del Presidio y la fundación oficial de la Villa por cédula real concedida el 22 de octubre de 1575, el sitio se fue perfilando en su traza desde sus primeros momentos; sin embargo, como nos relata Bernal Sánchez, citado por  Ochoa, andando el tiempo no hubo más adelanto en aquella, puesto que sólo "pocas casas se veían entre el bosque de mezquites, sin formar calles, con excepción de la  (que hoy es) [sic] del Apostolado, donde vivían Juan de Montoro, sus compañeros Cueva y Alarcón, la familia de Alonso Dávila Saavedra y un fraile franciscano llamado Gabriel de Jesús".  Al parecer, esta es la noticia más antigua de que se dispone al momento en relación a la incursión o estancia de algún fraile en Aguascalientes. Con la fundación del convento de la Limpia Concepción de Zacatecas, ordenada en el Capítulo de 1567, culmina la oleada de misiones que luego probablemente darían pie al establecimiento de una visita en la Villa de Nuestra Señora de la Asunción de las Aguas Calientes. Topete del Valleseñala que para 1575 se había establecido ya una ermita o capilla, dedicada a San Sebastián, en algún punto cercano al Camino Real a Zacatecas, cerca de la plaza principal.  Desafortunadamente no ha podido definirse el carácter de tal establecimiento, aunque por su circunstancia puede deducirse que quizá se tratara de un simple adoratorio perteneciente a la casa sede de la Custodia franciscana de Zacatecas. Alfonso Reséndiz, por su parte, ilustra en planos hipotéticos la existencia de una ermita casi en el cruce de los caminos reales a México y a Teocaltiche, hacia 1570. Cualquiera que sea el caso, lo cierto es que lo anterior indica cómo fue surgiendo el proceso específico y peculiar de la evangelización por estos lugares. Hay que recordar, y no es ocioso hacerlo, que se trataba fundamentalmentede un asentamiento de peninsulares y de criollos -de ahí su carácter de Villa-, y que los escasos pueblos de indios de la región  no eran originarios de ésta, dado que surgieron como asentamientos derivados de la estrategia relativa a los "pueblos de indios de paz"; en todo caso no serían sus miembros en cantidad  tal que demandara  una doctrina de indios, de tal suerte que un convento en Aguascalientes, del estilo de los   conventos-fortaleza del sur, parecía a todas luces innecesario, por lo menos en el siglo XVI. Los sacramentos, suponemos, serían administrados por algún fraile residente (¿Gabriel de Jesús?) y las precarias construcciones habrían tenido, como sugerimos líneas arriba, la calidad de visitas. Para 1609 ya existía cura en la Villa, en la persona de Don Bartolomé Rodríguez de la Vega, por lo que es de suponerse que las tareas de administración sacramental a los vecinos recayó en manos de este personaje. 
No fue sino hasta 1604 que con certeza se tiene noticia de la creación del pueblo de indios de San Marcos, a menos de media legua de la villita,  contraviniendo por cierto las Ordenanzas de Población, y que sus miembros habrían levantado una modestísima capilla para los diversos oficios religiosos. Desconocemos quién habría atendido éstos últimos y a qué adscripción hubiesen pertenecido, si al clero regular o al secular, por lo que no podemos ofrecer más elementos al respecto. Lo que sí es seguro es que, al quedar fuera de la jurisdicción de la villa, San Marcos no pudo gozar de la administración de los sacramentos por los frailes o clérigos de aquélla. 
En el asentamiento criollo, para las primeras décadas del siglo XVII, los servicios religiosos recayeron preferentemente en manos del clero secular,  una vez que por fin, al menos en el entorno inmediato, habían sido relativamente pacificados los indígenas de las inmediaciones. Por lo anterior resulta natural preguntarse: ¿qué circunstancia determinó la fundación de un convento a extramuros de la Villa, que para aquél entonces apenas si alcanzaba la actual demarcación del conjunto de San Diego? En este punto no podemos sino especular; parece indiscutible, sin embargo, que  la fundación de un monasterio, o lo que sea que fuere en sus orígenes la casa de religiosos carmelitas que constituyó el núcleo original del Convento franciscano de San Diego, obedeció a las necesidades propias del fervor religioso del siglo XVII, que, como sabemos, fue sustancialmente diferente a la religiosidad practicada en el siglo de la cruzada evangélica. 
De esta suerte, entonces, podemos establecer dos condiciones históricas a la base del surgimiento del convento de San Diego: a) por un lado, la ausencia de comunidades indígenas autóctonas asentadas fijamente en el territorio pudo haber determinado y dado curso a un tipo de evangelización en despoblado, bien orquestado en el aspecto operativo pero, como afirma Román Gutiérrez, falto de reflexión sobre las condiciones del nómada del desierto, cuyo fracaso relativo, b) por otro,  puede observarse más en el desarrollo de las vocaciones criollas en los centros urbanos del occidente y norte novohispano en el siglo XVII -como en el caso de la Villa de Aguascalientes-, que en la fundación de doctrinas de indios. Para comprender esto,  detengámonos un poco en el punto de la religiosidad del XVII. 
Para el siglo XVII las condiciones de la Nueva España eran diferentes. La colonización estaba concluida -por lo menos para el actual territorio del país- y era necesario echar a andar el mecanismo de la economía y la sociedad novohispana con un impulso propio, distinto del que en los primeros momentos de la conquista había representado el aprovechamiento de las instituciones indígenas, y distinto también del reportado por la implementación del sistema de encomiendas y repartimientos. Ahora se trataba de construir los cimientos de una sociedad con una dinámica más propia y cercana a las aspiraciones de una clase social en ascenso: la de los comerciantes, si bien sus actividades seguían inscritas en el marco de su sujeción a los intereses de la Corona. El nuevo contexto económico, dictado por las pretensiones de poder de una burguesía comercial predominantemente urbana, devino en cambios sustanciales en la mentalidad de la época, sobre todo en el aspecto de la religiosidad. Un primer tópico debe ser destacado, y éste fue el de la progresiva secularización de la sociedad y del aparato eclesiástico; en efecto, al lado del surgimiento de cierto "inmanentismo material" consonante con los valores prohijados por la nueva clase social, se observaba la idea de la redención del pecado por la vía del valor moral que adquirieron por entonces las obras pías. La piedad barroca conjugaba el sentido de dramatismo con el de la teatralidad ostentosa; así, el prestigio social devino en un factor de primera línea en la explicación de las profundas transformaciones que tuvieron lugar en el ánimo devocional de la nueva clase en formación. Paralelamente, la iglesia secular secundó y facilitó este estado de cosas desde el momento en que por su propia pugna con las órdenes mendicantes había secularizado los conventos y posesiones de éstos, en un afán de contrarrestar el enorme poder moral y económico que habían acumulado.
Ganada esta lucha, las vocaciones de este cristianismo pragmático, propio de la nueva clase social, pudieron desarrollarse; bajo la promoción y protección de las autoridades del clero secular, se incrementaron las devociones particulares a ciertos personajes de la hagiografía cristiana, lo que trajo importantes consecuencias para el mundo novohispano.    Es en esta línea, pues, donde se enmarca la nueva religiosidad del XVII, aspecto en el que nos detendremos un poco más. 
Por razones relacionadas con las necesidades de la evangelización, las principales devociones del siglo XVI se orientaron a destacar las figuras de los mártires y santos varones de las diversas órdenes, así como las figuras del Cristo redentor, de los apóstoles y los arcángeles, mientras que en el XVII se difundió el culto por santas americanas y por diversas advocaciones marianas, entre ellas, y sobre todo entre los franciscanos (desde el siglo XVI), la de la Inmaculada Concepción (la Tota Pulchra), que fue una de las más importantes de la Nueva España. De hecho, las órdenes religiosas tuvieron y desarrollaron su propia iconografía y hagiografía a partir del siglo XVI, por lo que no es de extrañar su introducción al ámbito novohispano. Si a lo anterior añadimos las condiciones de la religiosidad pietista del diecisiete y del dieciocho, el resultado nos podría dar una idea bastante fiel del cuadro en el que se desarrolla la devoción inmaculista en la Colonia, en donde "...pronto se fundaron conventos para la formación de las vocaciones criollas" (formación religiosa, sacerdotal y misionera de jóvenes de las distintas órdenes). La Villa de Aguascalientes no fue la excepción. Al rayar la primera mitad de la décimo séptima centuria, entre los notables del lugar y las autoridades del clero regular debióse sentir la necesidad de fundar un convento que expresara la especial devoción de ciertos sectores hacia determinados cultos marianos, y que a su vez respondiera a la creciente necesidad de servicios religiosos para una villa en expansión. Es así que, no obstante la imposición derivada del Tercer Concilio Eclesiástico novohispano, de 1585, relativa al despojo y secularización de los conventos en poder de las órdenes religiosas, la generosidad o el afán de prestigio social de ciertos personajes llevólos a fundar casas en las cuales desarrollar aquellas "vocaciones criollas". No es improbable que ese haya sido el caso del Convento carmelita de las Aguas Calientes.